Automatische Gitterpositionierung

Der erste Schritt in jeder Analyse von Microarray-Images ist die Zuordnung der Bildpunkte zu Spots (spot finding) und der Einordnung der Spots in ein Gitter (grid finding). GeneSpotter vereinfacht und beschleunigt diese essentiellen Arbeitsschritte und hilft Ihnen so, schneller zu jederzeit reproduzierbaren Ergebnissen zu kommen.

GeneSpotter bietet umfangreiche, einfach zu handhabende Funktionen zur Positionierung des Gitters. Je nach Anwendung kann das automatisch, semi-automatisch oder manuell geschehen.

GAL-Dateien Importieren

GeneSpotter liest GAL-Dateien, wie sie von vielen Spotting-Robotern erzeugt werden, und ermittelt daraus automatisch die Gittergeometrie. Liegt keine GAL-Datei vor, kann die Geometrie auch einfach per Hand eingegeben werden.

Automatische und manuelle Optimierung

Zum automatischen Finden von Spots setzt GeneSpotter einen besonders leistungsfähigen proprietären Algorithmus ein. Eine optimale Anpassung des Gitters an die gefundenen Spots gewährleistet ein neuartiges Verfahren, das auf dem Prinzip der Entropie-Minimierung im multidimensionalen Raum beruht.

So kann in den meisten Fällen bereits eine optimale Ausrichtung des Gitters am Bild erzielt werden. Doch selbst der beste Algorithmus kann durch Bildstörungen, wie sie bei problematischen Chips bisweilen auftreten, in die Irre geleitet werden. Deshalb bietet GeneSpotter die Möglichkeit, die Lage des Gitters semi-automatisch zu beeinflussen und zu optimieren, oder sie komplett manuell einzustellen.

Wir helfen Ihnen weiter

In besonders schwierigen Fällen stehe Ihnen unsere Produktexperten gerne zur Seite und helfen Ihnen, optimale Parameter für Ihre spezifische Anwendung zu ermitteln.

Weiter: Qualitätssicherung

©2004-2007 MicroDiscovery GmbH
Letzte Aktualisierung 10. Juli 2007

Movie

Automatische Gitterpositionierung Movie

Screenshots

Gitter definieren
Manuelle Anpassung